三论宗由隋代吉藏创立，因依龙树的《中论》、《十二门论》和提婆的《百论》三论立宗，故有此名。

三论宗的学统，在印度是：龙树一提婆一罗睺罗一青目一须利耶苏摩一鸠摩罗什。在中国则是：鸠摩罗什一僧肇一僧朗一僧诠一法朗一吉藏。

初祖龙树，是释迦牟尼灭寂后第一个重要的大乘佛教学者。其《中论》、《十二门论》等，发挥缘起性空的学说，为大乘佛学建立了牢固的理论基础。龙树将其学说传给弟子提婆，提婆深得其要领，辩才无碍，在与异派学者辩论中多次获胜。著有《百论》和《四百论》等，大大发扬了龙树学说。提婆之后，经罗睺罗、青目至西域沙车国王子须利耶苏摩。

鸠摩罗什师承须利耶苏摩，专弘般若性空之教，为四方学者所宗，道流西域，声被东国。后秦弘始三年（401）来到长安，姚兴待以国师之礼，四方义学沙门闻风而至者800余人。前后翻译经律论70余部，300余卷。盛倡龙树、提婆般若性空学说。门人号称三千，著名学者不下数十人，唯有僧肇精纯守一，得罗什之真传。罗什、僧肇之后，长安大乱，僧徒四散，三论传承，记载不明。南传罗什之学者虽不乏其人，但对后世均无甚影响。此学所以传承不绝者，端赖以《华严经》、“三论”命家，兼修禅观的僧朗。僧朗有得业弟子僧诠。僧诠门徒数百，上首弟子有法朗、智辩、慧勇、慧布4人，其中最著名者为法朗。他在僧诠门下，禀受《华严经》、《大品》（即《摩诃般若经》）、《大智度论》、《中论》、《百论》、《十二门论》。僧诠殁后，于陈永定二年（558）奉敕移住兴皇寺，被尊为兴皇大师。陈、隋三论学者多出其门下，其中最著名者为吉藏。吉藏著作宏富，陈义精微，评判由晋以来各家学说，亦采取南北各派长处，大凡当时流行的经典，多为注疏，在此基础上，正式建立了三论宗。

当时，除吉藏一系而外，同时弘传三论的学者亦复不少。因此三论学说在初唐曾盛极一时。后来法相、华严、禅宗相继成立和流行，三论宗逐渐不振。但大历（766～779）年间，金陵有玄璧法师弘传三论，浙江金华有慧量法师专讲三论。至中唐，传三论者尚有人在。会昌禁佛之时，三论宗章疏被毁殆尽，几成绝学。清代末年，海运畅通，杨文会居士始从日本将此宗失传的章疏著作取回，世人方能探讨而窥其全貌。

三论宗所依经典，以《大品》、《法华经》、《华严经》《涅盘经》为四部大经，所以隋唐诸三论师的传记中每每有“四经三论”或“四论三经”之说。此外《维摩经》、《仁王经》、《金刚般若经》、《胜鬘经》、《金光明经》等，也都有较详细的疏解。《智论》、《中论》、《百论》、《十二门论》是三论宗的根本论典，除《智论》外，吉藏均有注疏。关于三论宗的专著如《大乘玄论》、《法华玄论》、《净名玄论》、《二谛章》、《三论玄义》等皆为要典。