三身佛是寺院经常供奉的佛。

三身，梵文 Trikāyāh，即法身、报身、应身三种佛身，又叫自性身、受用身、变化身。“身” 除指体貌外，亦有“聚积”之义，即由觉悟和聚积功德而成就佛体。由此含义而有三身、三十二应身、千百亿化身等说法，而以“三身”的说法影响最大，即所谓理法聚而为法身，智法聚而为报身，功德法聚而应身。因一佛具三身之功德性能，所以三身即一佛。

按中国佛教天台宗的说法，毗卢遮那佛是法身佛，卢舍那佛是报身佛，释迦牟尼佛是化身佛即应身佛。“毗卢遮那 Vairocana”与“卢舍那Locana”都有“光明遍照”的意思，但二佛是有所区别的。“毗卢遮那”意即“遍一切处”，就是他的光明普照万方，故而密宗又将毗卢遮那译为“大日如来”。《大乘义章》说：“显法成身，名为法身。”即说他是以佛法成身，体现了人格化的真理(佛法)。“卢舍那”又译作“净满”，是报身佛，表示证得了佛法真谛获得佛果而显示佛的智慧的佛身。释迦牟尼佛是应身佛，是表示随缘教化，济度世间芸芸众生而现的佛身，特指释迦牟尼的生身。

据《华严经》称，释迦投身的净土是莲华藏世界，而卢舍那则是莲华藏世界的教主，他与密宗所供奉的毗卢遮那佛(大日如来)所指不同。又据《梵网经》称，卢舍那佛已修行过百阿僧祇劫，成佛以后住在莲花台藏世界。莲华台周围有一千叶，每一叶是一个世界，千叶总共为一千世界。每一叶世界，又有百亿须弥山，百亿日月、百亿四天下、百亿南阎浮提(即南赡部洲)，而有十百亿无量数释迦正在说法。这无量数释迦的本原，就是卢舍那佛。而华严宗是把毗卢遮那与卢舍那认为一体的。

佛殿中三身佛的配置情况如下：中尊是法身佛毗卢遮那佛，左尊为报身佛卢舍那佛，右尊为应身佛释迦牟尼佛。

法身佛毗卢遮那佛和报身佛卢舍那佛也有单独供奉的，虽然远没有释迦佛那么普遍。山西大同善化寺三圣殿，主尊即毗卢遮那佛，左为司智慧的文殊菩萨，右为司理德的普贤菩萨，此三尊俗称“华严三圣”，这是借用了《华严经》的说法而把他当作法身佛。佛像为木胎贴金罩漆，妙相庄严，雕刻精美，为明代造像中的上乘之作。四川大足石刻中的华严三圣巨像，脚踏窟基，头齐岩沿，身向前倾，高达七米。三圣造型气势庄严，面目慈祥，所披袈裟褶皱，用大块面手法凿成。袍袖下垂至脚，有效地支撑了手臂。而且普贤手中所托一米八高的石塔，重约千斤，历千年而不坠，工艺之高，堪称一绝。